三宝之一的“并蒂莲”，顾名思义，即两个并在一起的莲花，象征吉祥如意，爱情真挚的意思。相传它是由元代诗人顾阿英（又名德辉）从印度带回来的名种，原栽种在正仪镇东亭，所以又称“东亭荷花”。
并蒂莲有“双萼并头”、“九品莲台”、“四面拜观音”等，花头最多簇生有多至十几个头并在一起，而以双双并蒂为最佳。并蒂莲是珍奇的观赏植物，叶小、藕窳、又不结莲蓬。一般的荷花花瓣也就十几瓣花瓣，但并蒂莲有两千多瓣，所以又称千瓣莲。
琼花为昆山市市花，是“玉峰三宝”之一，名扬海内外。琼花，属忍冬科，系半常绿落叶灌木。外形由八朵白色雄性小花组合而成，因而又称“聚八仙”。花呈扁平，形似花环，而每朵小花又由五朵花瓣组成。其花后结实，绿如翡翠，待秋后籽熟，又转为赤红，犹如粒粒红宝石，悬于树梢。古代诗人盛赞她为“天下无双独此花”。
亭林园中最大的一棵琼花，树龄已有300多年了，树冠周整，玉花繁盛，堪称今世“琼花之最”。为保护古老名花，亭林园专门建设琼花景观，于1990年在“昆石馆”北侧，辟地460平方米，建“琼花园”，栽种琼花树30株；2000年，在西山风景区，凌风阁以北，辟地2100平方米，再建一琼花园，命名为“丹实琼芳”。
昆石是“中国四大名石”之一，被誉为“昆山的名片”。昆石产于亭林园内玉峰山，又称昆山石，晶莹剔透、洁白如玉，玉出昆岗。
昆石与其他三大名石（灵璧石、太湖石、英石）相比，堪称为阳春白雪的佼佼者。其主要矿物组成为石英，摩氏硬度可达七级，内部结构、构造更为精美而复杂，这是其他三大名石无可比拟的。
玉峰山因昆石而得名，自唐宋以来，历代名人孟郊、张祜、王安石、苏轼、杨维祯、林则徐等都为玉峰留下了无数题咏名篇，历代文人雅士对昆石也题咏不绝，广为传颂。昆石馆内展示的古昆石“春云出岫”、“秋水横波”，是目前仅存的最大的古昆石。
